Politeknik Negeri Ambon menjalankan kegiatan akademik di 3 lokasi yaitu kampus utama di Kota Ambon, serta kampus lainnya di kota Masohi dan Banda. Kampus Utama di kota Ambon memiliki 5 Jurusan, yaitu
Jurusan Teknik Sipil
Jurusan Teknik Sipil memiliki 3 program studi untuk Diploma Tiga dan Sarjana Terapan, yaitu:
- Teknik Sipil (Diploma Tiga)
- Manajemen Proyek Konstruksi (Sarjana Terapan)
- Teknik Konstruksi Jalan dan Jembatan (Sarjana Terapan)
Jurusan Teknik Mesin
Jurusan Teknik Mesin memiliki 3 program studi untuk Diploma Tiga dan Sarjana Terapan, yaitu:
- Teknik Mesin (Diploma Tiga)
- Teknik Produksi Minyak dan Gas (Sarjana Terapan)
- Teknologi Rekayasa Mekanikal Minyak dan Gas (Sarjana Terapan)
Jurusan Teknik Elektro memiliki 3 program studi untuk Diploma Tiga dan Sarjana Terapan, yaitu:
- Teknik Listrik (Diploma Tiga)
- Teknik Informatika (Sarjana Terapan)
- Teknologi Rekayasa Kelistrikan Minyak dan Gas (Sarjana Terapan)
Jurusan Administrasi Niaga
Jurusan Administrasi Niaga memiliki 2 program studi untuk Diploma Tiga dan Sarjana Terapan, yaitu:
- Administrasi Bisnis (Diploma Tiga)
- Administrasi Bisnis Terapan (Sarjana Terapan)
Jurusan Akuntansi
Jurusan Administrasi Niaga memiliki 2 program studi untuk Diploma Tiga dan Sarjana Terapan, yaitu:
- Akuntansi (Diploma Tiga)
- Akuntansi Sektor Publik (Sarjana Terapan)
Selain kampus utama, terdapat kampus Masohi dan kampus Banda dengan Program Studi sebagai berikut
Kampus Masohi
- Akuntansi Sektor Publik (Sarjana Terapan)
- Teknik Informatika (Sarjana Terapan)
- Teknologi Pengolahan Hasil Perikanan (Sarjana Terapan)
- Teknologi Pengolahan Hasil Pertanian (Sarjana Terapan)
- Pariwisata (Sarjana Terapan)
Kampus Banda
- Manajemen Sumber Daya Peraian (Sarjana Terapan)
- Budidaya Peraian (Sarjana Terapan)